科研服務
Visium HD空間轉錄組測序
產品簡介
基因表達具有時間特異性和空間特異性。時間特異性通常可以通過對不同時間點的樣本取材，再使用單細胞轉錄組測序技術來進行解析。然而，空間特異性信息常常難以獲得。10x Genomics Visium 空間轉錄組技術，可在組織原位以超高分辨率研究基因表達特征和空間分布。通過該技術分析，能夠探索并揭示細胞類型、細胞狀態和生物標志物的空間排布。結合單細胞轉錄組和空間轉錄組進行聯合研究，可使空間位置的基因表達研究深入到超高分辨率的單細胞層次，對于癌癥、免疫、神經、發育等領域有著令人期待的應用前景。
Visium HD 空間轉錄組測序，旨在滿足客戶對更高分辨率Visium產品的需求，通過單細胞尺度分辨率增強了已經驗證的全轉錄組空間分析，實現了連續的組織覆蓋，并通過創新探針和精準Visium Cytassist平臺提供了一流的數據。
技術原理
Visium HD 空間轉錄組基因表達玻片包含2個6.5 x 6.5 mm的捕獲區域，捕獲區域由~1100萬個2 x 2µm的無間隙排列的正方形組成，每個正方形中又連續排列著數百萬個帶空間條形碼的寡核苷酸探針，用于捕獲細胞中的mRNA。該芯片同時實現了全組織覆蓋和單細胞級空間分辨率。
Visium HD基因表達芯片設計
Visium HD空間轉錄組是基于探針捕獲的原理完成組織樣本中RNA信息的捕獲標記。首先，組織切片、組織制備、染色和成像都在標準載玻片上進行，在探針雜交后，將兩張標準載玻片和一張帶有兩個捕獲區域的基因表達玻片放入CytAssist儀器中，通過CytAssist儀器捕捉明場圖像，為數據分析提供空間定位，隨后將轉錄組探針與基因表達玻片雜交，通過帶有不同位置標簽的探針獲取樣本切片不同空間位置的轉錄本的表達水平。最后，把基因表達玻片從儀器中取出，進行后續探針延伸及文庫構建，經過高通量測序后，獲得組織的轉錄組數據。
基于CytAssist的Visium HD空間轉錄組技術流程
支持平臺
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10x Genomics Visium HD空間轉錄組平臺
結果展示
小鼠腸道 Visium HD 數據展示
前列腺癌全轉錄組圖譜
人乳腺導管原位癌全轉錄組圖譜
產品優勢
超高分辨率
2 x 2 µm的正方形緊密排列的捕獲點設計，實現了單細胞級分辨率；
全組織覆蓋
通過連續無間隙排列的帶有寡核苷酸的捕獲區域，對整張組織切片進行全覆蓋捕獲；
高靈敏度
設置多對特異探針對靶序列進行捕獲，提高基因的檢出效率及特異性；
流程簡便
基于CytAssist平臺，通過簡單的工作流程獲得無與倫比的空間數據質量；
FFPE兼容
突破從FFPE（石蠟包埋）組織中獲取空間基因表達信息的障礙；
與組織學數據有機結合
易于使用的可視化工具（Loupe Browse）將組織學和基因表達數據無縫結合，更便于研究者觀測；
平臺完善
具有冷凍切片機、超高分辨率顯微鏡、 10x Genomics Visium等服務平臺；
團隊專業
中科院博士帶領專業實驗團隊。現已累積百余種不同組織類型、數百余個樣品的空間轉錄組實驗經驗。
空間轉錄產品性能對比
應用方向
腫瘤研究：腫瘤微環境、腫瘤異質性;
免疫研究：免疫微環境;
發育生物學：細胞類型的空間分布、時空變化;
腦神經學：神經系統研究、腦圖譜構建;
病理學：病例切片的空間基因表達信息;
細胞圖譜：構建三維空間圖譜。
Visium HD已完成測試的組織類型
